11 июля 1899 года в 10 часов утра «Юнион Пасифик Экспресс» покинул Фолсом, Нью-Мексико, с 47 пассажирами на борту. Спустя несколько минут слышны выстрелы и торопливые шаги на крыше. Тяжеловооружённые бандиты явились, чтобы ограбить честных граждан, забрав их бумажники и драгоценности. Удастся ли им украсть чемодан с еженедельной зарплатой угольной компании «Найс Вэлли», несмотря на то что он находится под надзором маршала Сэмюэла Форда? Будут ли эти бандиты мешать друг другу больше, чем маршалу, ведь только самый богатый из них сможет выйти победителем?
В Colt Express вы играете за бандита, грабящего поезд одновременно с другими бандитами, и ваша цель — стать самым богатым преступником Дикого Запада. Игра состоит из пяти раундов, и каждый раунд делится на две фазы:
Действие игры разворачивается в трёхмерном поезде, где бандиты могут перемещаться из вагона в вагон, бегать по крыше, бить других бандитов, стрелять в них, грабить пассажиров или выманивать маршала с его позиции. Количество вагонов в поезде равно числу игроков, и в начале игры в каждом вагоне размещаются драгоценные камни, мешки с добычей или чемоданы.
Каждый игрок начинает раунд с шестью картами в руке, каждая из которых показывает одно из этих действий. В начале раунда открывается карта раунда, которая указывает, сколько карт будет разыграно; будут ли они открытыми или закрытыми, по одной или парами; и какое действие произойдёт в конце раунда (например, все бандиты на крыше поезда перемещаются в локомотив). Вы можете подобрать добычу, драгоценные камни или чемоданы, только сыграв карту «ограбление», находясь в вагоне, где есть один из этих предметов. Но поскольку все планируют заполучить эти ценности, вам придётся перемещаться, бить и стрелять, чтобы убрать других с пути. Вы можете ударить кого-то только в том же вагоне, и тогда другой бандит роняет один из собранных предметов и перемещается в соседний вагон.
У каждого персонажа есть особая способность, например, начать раунд с дополнительной картой, сыграть первую карту закрытой или спрятать мешок с добычей при ударе, не давая ему упасть на пол.
Вы можете стрелять в кого-то в соседнем вагоне или (если бежите по крыше поезда) в любого, кто находится в поле зрения; при этом вы передаёте этому игроку одну из своих шести пуль. Эта карта замешивается в колоду противника, возможно, давая ему в руку бесполезную карту в будущем ходу и вынуждая брать карты вместо розыгрыша. Если маршал окажется в одном вагоне с вами, вероятно, из-за того, что другие бандиты заманили его в поезд, он тоже с радостью «одарит» вас пулей.
В конце игры тот, кто сделал больше всего выстрелов, получает бонус в 1000 долларов за хвастовство, а победителем становится тот, кто собрал самую богатую добычу!