В игре Подводные города, партия в которую длится около 30–45 минут на игрока, участники выступают в роли самых выдающихся умов планеты. Эти гении были отобраны из-за перенаселения Земли, чтобы создать лучшие и наиболее пригодные для жизни подводные территории.
Основной принцип игры — размещение карт. Три цветные карты выкладываются по краю основного поля в ячейки размером 3×5, которые также имеют цветовую маркировку. В идеале игроки могут помещать карты в ячейки того же цвета. После этого они получают и действие, и преимущество: действие, указанное в ячейке на основном поле, а также преимущество самой карты. Действия и преимущества позволяют игрокам получать сырьё; строить и улучшать купола городов, туннели и производственные здания (фермы, опреснители и лаборатории) в своей личной подводной зоне; перемещать свой маркер на треке инициативы (что важно для порядка хода в следующем раунде); активировать свои «карты А»; а также собирать карты — как особые, так и базовые, которые открывают больше возможностей для принятия решений во время игры.
Все почти 220 карт — как особые, так и базовые — разделены на пять типов в зависимости от способа и времени их использования. Подводные зоны планируются двусторонними, что даёт игрокам множество возможностей для получения победных очков и итоговой победы.